Notionで、if(empty(Project), false, true)
という式で、"Should sync "という式プロパティを作成できます。これは、プロジェクトが割り当てられたアイテムを識別します。
次に、オートメーションで、フィルタ設定でNotionフィールドをリフレッシュし、Should syncが trueのアイテムだけを含めるフィルタを追加します。
以下のいずれかがtrue の場合、Notion ページを同期します:
Should sync(チェックボックス)がNot Checked(チェックされていない)。

これにより、プロジェクトが設定されていない項目が除外されます。